Japan, 1868
Das Land wird von der Edo Bakufu regiert. Zu dieser Zeit kam ein amerikanischer Kaptain namens Perry mit einer Flotte von schwarzen Schiffen in Japan an. Er hatte friedliche Absichten und bat die japanische Regierung um Hilfe für seine Schiffe. Die Edo Bakufu lehnte ab, da sie keine außenpolitischen Konflikte haben wollten (Dieses Ereignis wurde "Kurofuneraikou" genannt).
Dieser Vorfall hatte einen Bürgerkrieg zur Folge, da einige Gebiete ohne Zustimmung der Regierung die Schiffe angriffen. Während dieses Bürgerkriegs wurde die Meiji Ishin gegründet, eine Vereinigung aller, die gegen die Edo Bakufu waren. Die Edo Bakufu gründeten die Shinsengumi, die alle Meiji Anhänger beseitigen sollten. Die Meiji Ishin dagegen schufen die Ishinsishi zum Schutz gegen die Shinsengumi. Die Ishinsishi bestanden aus starken Samurais, unter ihnen, der Hauptcharakter Himura Kenshin. Kenshin wurde berühmt, da er sehr viele Leute umbrachte und verdiente sich so den Titel Hitokiri Battousai... 

Der Krieg ging zu Ende und die Meiji Ishin wurde die neue Regierung, Kenshin jedoch verschwand spurlos und wurde zur Legende...

Japan, 1879
Hier beginnt die eigentlich Geschichte des Animes "Rurouni Kenshin", in der Zeit der Meiji Restoration. Kenshin taucht wieder auf, doch er ist nicht mehr der, der er während des Krieges war. Er will nicht mehr der Hitokiri Battousai sein, er will als Wanderer durch Japan ziehen und nie wieder jemanden töten. Doch seine Vergangenheit holt ihn wieder ein. Er wird von verschieden Gruppierungen heimgesucht, seien es Mitglieder der Meiji Ishin, die ihn auf seiner Seite haben wollen, oder Mitglieder der Oniwa Banshu, eine Ninjagruppe des alten Edo Bakufu, die ihn töten wollen. Auf Kenshin kommen eine Menge interessanter Abenteuer zu und er lernt viele Leute kennen, von denen viele seine Freunde werden...