Mireille Bouquet, die unter dem Code-Namen 'Noir' arbeitet, ist eine der besten Profikillerinnen Frankreichs. Eines Tages bekommt sie von einem Schulmädchen namens Kiriku Yuumura eine eMail, in der geschrieben steht: "Make a pilgrimage for the past with me" (übersetzt etwa 'Mach mit mir eine Pilgerfahrt in die Vergangenheit'). Mireille hält es zunächst für einen dummen Scherz und entfernt sich vom Bildschirm. Als jedoch plötzlich eine Melodie erklingt, die ihr wohlbekannt ist, lässt die Angelegenheit die kühle Assassinin nicht mehr so kalt...

Darauf hin überschlagen sich die Ereignisse: Mireille will sich mit Kiriku treffen, diese jedoch flüchtet, nachdem sie eine Taschenuhr betätigt hat, die die geheimnisvolle Melodie spielt, in eine Baustelle. Mireille findet das Mädchen schließlich, wie es auf einer Eisenstange sitzt, die Taschenuhr anschaut und schließlich zu ihr sagt: "Noir... ich habe... auf dich gewartet.

Mireille jedoch hat keine Zeit, sich über diese Aussage Gedanken zu machen, denn auf einmal wird sie von wildfremden Männern beschossen. Wieder läuft Kirika davon, und während Mireille sie verfolgt, legt sie nach und nach mehr der Männer um - Kirika ebenfalls. Als Mireille von den übrig gebliebenen Männern umzingelt ist, rettet Kirika sie, indem sie alle auf eine Art umbringt, wie man es einem jungen Schulmädchen normalerweise nicht zutrauen würde. Und laut sich selbst fühlt sie, nachdem sie Menschen 'so einfach töten kann', nicht einmal Reue... und trotzdem weint sie.

Als Kiriku Mireille mit nach Hause genommen und ihre Wunden verarztet hat, erfährt Mireille, dass Kirika eines Tages aufwachte und sich an nichts aus ihrer Vergangenheit erinnern konnte. Alles um sie herum ist eine Illusion, ihre Eltern, ihr zu Hause, sogar bei ihrem Namen weiß sie nicht, ob es überhaupt ihr eigener ist. Sie weiß, wie man andere Menschen tötet, ohne es zu bedauern - aber mehr auch nicht. Kiriku bittet Mireille, ihr zu helfen - und sie stimmt zu, unter der Bedingung, dass sie Kiriku töten muß, sobald sie ihr Gedächtnis zurück erhält...